اهداف اصلی تشکل بسیج دانشجویی، پاسداری از اصول انقلاب اسلامی، حفظ وحدت حوزه و دانشگاه، و ترویج فرهنگ ایثار و شهادت در جامعه است. این تشکل همچنین به دنبال توسعه تحقیقات و پژوهش‌های فرهنگی، علمی و دفاعی، و همچنین مقابله با تهاجم فرهنگی دشمنان است. بسیج دانشجویی خود را به عنوان یک نیروی فعال و سازمان‌یافته در دانشگاه‌ها و در عرصه‌های مختلف فرهنگی، علمی و سیاسی می‌داند و در این راستا فعالیت می‌کند.